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Un nouveau variant découvert en Finlande, potentiellement moins détectable par certains tests PCR
Ce variant a été identifié sur un seul patient, selon le communiqué d’un laboratoire finlandais. Une mutation qui pourrait le rendre très discret face aux tests.
Par L'Obs
Publié le 19 février 2021 à 12h20
C’est un nouveau variant dont les mutations pourraient avoir des conséquences dans la détection des malades. Un laboratoire finlandais a en effet annoncé mercredi 17 février avoir détecté chez un seul patient du sud de la Finlande un variant du Covid-19 qui pourrait être indétectable à certains tests PCR.
Selon les laboratoires Vita, relayés par la radio-télévision publique nationale de Finlande, Yle, et en France par le quotidien local « L’Indépendant », ce variant aurait des similarités avec les variants britanniques, sud-africains et le nouveau variant B1525, détecté dans une dizaine de pays, dont la France.
« Fin-796H »
Parmi ses caractéristiques : la mutation E484 de la protéine « spike », que l’on trouve aussi dans les variants sud-africain et brésilien, qui fait craindre une efficacité moindre des vaccins et pourrait en outre causer des réinfections de malades, les anticorps précédemment acquis risquant d’être moins performants. La souche finlandaise ne sembre toutefois « pas appartenir à la lignée d’aucune des variantes précédemment connues », selon Petri Auvinen, directeur de recherche responsable de l’unité de séquençage de l’Institut de biotechnologie.
Si cette souche, baptisée provisoirement « Fin-796H », est significative, c’est parce qu’elle affecterait, selon le laboratoire, le gène N du virus, qui est l’une des cibles recherchées lors des tests PCR.
Pour rappel, le test de diagnostic par RT-PCR pour Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction, Transcriptase inverse - Réaction en chaîne par polymérase, nécessite tout d’abord la réalisation d’un prélèvement respiratoire, naso-pharyngé. De ce prélèvement est ensuite extrait l’ensemble des acides nucléiques présents. Une petite séquence cible d’acides nucléiques (un fragment d’ADN) sera ensuite copiée de nombreuses fois, ce qui facilitera sa détection. C’est lorsque cette amplification est détectée (par une sonde couplée à un fluorophore) que le test est dit positif, explique le laboratoire Pasteur.
Probablement pas apparue en Finlande
De nombreux tests PCR, comme ceux effectués par les laboratoires Vita, fonctionnent en recherchant plusieurs régions du virus, ce qui leur a permis d’identifier ce malade. Mais d’autres tests PCR ne visent que le gène N du virus. Sa mutation pourrait donc le rendre indétectable à ces tests. Pour le microbiologiste du laboratoire Vita, Taru Meri, il faudrait désormais faire attention à la pertinence des tests PCR.
Interrogé par Yle, le professeur de virologie à l’Université de Turku, Ilkka Julkunen, appelle les laboratoires à être vigilants, pour garantir les diagnostics. Mais il ne s’inquiète pas, pour l’instant, de ce variant unique, dont on ne connaît pour l’instant, de fait, ni la contagiosité, ni même l’impact sur l’immunité.
Selon les experts des laboratoires Vita, basés à Helsinki, la souche Fin-796H n’est probablement pas apparue en Finlande, compte tenu du faible taux d’infection dans le pays. Il est donc probable que d’autres cas soient découverts dans les prochains jours.
Les laboratoires Vita assurent qu’ils poursuivront leurs recherches en collaboration avec l’Institut de biotechnologie de l’Université d’Helsinki.
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